主任委員負責綜理會務,並指揮監督所屬機關。副主任委員及主任秘書協助主任委員處理會務。
八處室計分為業務部門及行政部門。業務部門含綜合計畫處、核能管制處、輻射防護處及核能技術處;行政部門含秘書處、人事室、會計室、政風室。
三附屬機關為核能研究所、放射性物料管理局、輻射偵測中心。