審查作業規劃分為「程序審查」及「實質審查」，「實質審查」包括「安全審查/現場視察」 、「提出審查結論報告」及「核定」階段。
考量為國內首次進行此類申請案之審查，且依作業辦法規定申請者應於執照有效期間屆滿前五年至十五年提出申請，有充裕之時間進行審查，故首次實質審查時程預定為24個月，若併計程序審查及資料補充則全程預估為26個月。
台電公司於98年7月提出「核能一廠運轉執照換發申請案」，惟審查期間，因執行核一廠中幅度功率提昇案及因應日本福島事故國內核能電廠安全總體檢，故申請暫停審查。現因前述作業已階段性完成，暫停審查理由已不存在，台電公司正式向本會申請重啟審查，並於103年7月底依本會管制要求將審查暫停期間電廠所執行改善案以及暫停前審查意見未結案事項等議題，反映至「核一廠執照更新評估報告」及相關審查意見中。
考量暫停審查期間，原送審文件內容因電廠執行中幅度功率提昇與福島相關改善案而有變更，須再予確認影響的層面及審查評估結果，因此規劃本案重啟後審查期程約為兩年，自103年8月1日起至105年7月31日止。截至105年2月台電公司仍有7項議題尚未提出相關評估或改善結果之答覆說明。鑑此，原能會重新檢視審查所需時間修訂本案審查時程規劃，審查期限由105年7月31日調整至105年10月31日，惟後續審查時間仍再視台電公司答覆時效和品質而適度調整。
105年7月7日原能會接獲台電公司申請撤回核一廠運轉執照換發申請案，本案全案自105年7月7日起終止審查。
審查架構與人力 由本會原有管制架構下，因應本案另專案成立本會審查小組，進行相關的審查，詳細如下圖
運轉執照換照審查作業要項：
依照核子反應器設施管制法第六條以及核子反應器設施運轉執照申請審核辦法地十六條，分為一般性文件、技術文件、運轉規範以及輻射相關議題，詳細作業要項如下圖
